Schon in einer der ältesten Quellen von Orgelmusik, im Codex Faenza vom Beginn des 15. Jahrhunderts, finden wir Bearbeitungen von Kyrie- und Gloriamelodien, die der wechselweisen Ausführung mit einer Schola, später dann mit einem Figuralchor, dienten. Die ersten komplexeren Stücke in den frühen Tabulaturbüchern waren jedoch hauptsächlich Intavolierungen von vokalen Motetten.
Im 17. und 18. Jahrhundert entwickelte sich vor allem im protestantischen Bereich eine reiche Tradition: Von Norden her mit den Choralvariationen Sweelincks, seiner Schüler Scheidt, Scheidemann und Schildt und mit den Choralfantasien Tunders über die mehr kontrapunktisch geprägte Choralfuge in Mitteldeutschland bei Kindermann, Pachelbel und Johann Michael Bach bis zu den deutlich französisch beeinflussten Werken Böhms.
Im 19. Jahrhundert geht dann das Interesse am liturgischen Gebrauch der Gattung zurück, dennoch finden sich hier viele lohnende Werke von nicht ganz so prominenten Komponisten wie Hesse, Dienel und Oechsler. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts beleben Distler, Pepping und David erneut die Choralpartita.