Boyce schrieb eine große Zahl geistlicher und weltlicher Vokalwerke, darunter Anthems und Services. Zu ihnen gehören die wohl bekanntesten „Om Where Shall Wisdom Be Found“ und „By the Waters of Babylon“. Darüber hinaus komponierte er Oden, Lieder und Kantaten, Bühnenwerke, Instrumentalmusik (8 Sinfonien, 15 Triosonaten, 12 Ouvertüren, 3 Concerti grossi) und Klavierwerke. Im Gegensatz zu den meisten Komponisten seiner Zeit vermochte sich Boyce in seinen Werken vom verführerischen Einfluss Georg Friedrich Händels weitgehend freizuhalten.